Persatuan Sepakbola Indonesia Samarinda atau disingkat Persisam Samarinda adalah sebuah klub sepak bola Indonesia yang bermarkas di Samarinda, Provinsi Kalimantan Timur. Klub ini merupakan hasil penggabungan dua klub sepak bola yakni Persatuan Sepak Bola Indonesia Samarinda (Persisam) yang merupakan eks tim Perserikatan dan Putra Samarinda (Pusam) dari Galatama. Persisam Samarinda bermarkas di Stadion Segiri, yang berkapasitas 20.000 penonton.
Dulu kiprah kedua tim satu kota dengan beda pengelolaan (Persisam didanai Pemkot Samarinda sedangkan Pusam pihak swasta) di kancah sepak bola nasional terbilang lumayan. Terlebih Pusam saat berlaga di Galatama karena mendapat sokongan dana dari pengusaha lokal. Sayang sejak kompetisi semi-profesional ini dilebur dengan Perserikatan dan menjadi Liga Indonesia, Pusam pun mati suri.
Sedangkan Persisam yang didanai APBD Kota Samarinda, masih bisa terus eksis. Hanya saja, prestasi tim ini stagnan dan melempem hingga akhirnya terlempar ke Divisi Dua pada musim 2002/2003. Barulah pada dua musim berikutnya, tim ini kembali bangkit. Terlebih setelah melakukan penggabungan dengan Pusam dan menjadi Persisam Samarinda seperti saat ini.
Proses merger ini memang berbuah manis. Prestasi tim berjuluk "Elang Borneo" kembali melejit. Masuk empat besar Divisi Dua Liga Amatir pada musim 2005 dan promosi ke Divisi Satu Liga Amatir. Persisam Samarinda hanya dua musim di level ketiga itu dan menembus Divisi Utama Liga Indonesia musim 2007, kasta kelas dua dengan menempati peringkat ketiga klasemen akhir.
Hebatnya, sebagai tim promosi di Divisi Utama tidak membuat prestasi tim ini terhenti. Tampil konsisten sepanjang musim mengantarkan mereka menjuarai Divisi Utama dan mengantongi tiket promosi ke Indonesia Super League 2009/10, kompetisi profesional yang merupakan kasta tertinggi sepak bola nasional saat ini.
* 1994/95 : Divisi utama
* 1995/96 : Babak 8 Besar divisi utama
* 1996/97 : Peringkat ke-5 wilayah Timur
* 1997/98 : Peringkat ke-4 wilayah Timur
* 1998/99 : Kompetisi dihentikan
* 1999/00 : Peringkat ke-12 wilayah Timur (degradasi ke divisi satu)
* 2001/02 : Papan tengah divisi satu
* 2002/03 : Papan bawah divisi satu (degradasi ke divisi dua)
* 2004 : Babak delapan besar divisi dua
* 2005 : Empat besar divisi dua (promosi ke divisi satu)
* 2006 : Peringkat ke-7 divisi satu
* 2007 : Peringkat ke-3 divisi satu (promosi ke divisi utama)
* 2008/09 : Juara divisi utama (promosi ke Superliga)
* 2009/10 : Peringkat ke-12 Indonesia Super League
